Arnemuiden heeft een rijke geschiedenis, dat wil zeggen er is veel over te vertellen. Het Arnemuiden zoals het nu nog aanwezig is, schijnt het 3e Arnemuiden te zijn. De naam Arnemuiden, wijst op de ligging aan het vaarwater "de Arne" dat vanaf Middelburg naar de zee stroomde. "Muydt" betekende in de oude Zeeuwse taal "burcht". Arnemuiden zou dus betekenen "burcht aan de Arne".

Arnemuiden wordt voor het eerst genoemd in het jaar 1223; het heette toen "Arnemuda". Dat dorpje was het eerste Arnemuiden wat met een vloed in de golven verdwenen is. Omstreeks 1462 werd een aanvang gemaakt met het stichten van Arnemuiden op de plaats waar het nu nog ligt. In 1481 brandde dat 2e Arnemuiden geheel af maar werd gelukkig weer herbouwd en kwam door de goede ligging en uitstekende rede tot grote bloei.

Omstreeks 1550 heerste hier een geweldige drukte, de koopvaardijschepen lagen soms drie rijen dik voor de haven. Dit alles bleef zo tot het gedenkwaardige jaar 1572. Arnemuiden koos toen evenals Vlissingen en Veere de zijde van de Prins van Oranje, terwijl Middelburg dat niet deed. Om Middelburg tegen de vijanden te beschermen zond Alva soldaten die Arnemuiden op 8 mei 1572 innamen, waarbij omstreeks 400 personen, soldaten en burgers, omkwamen. Arnemuiden werd volledig verwoest.

Op verzoek van de inwoners van Arnemuiden verhief de Prins hun plaats tot stad, verleende het een eigen bestuur en ontsloeg Arnemuiden van ondergeschiktheid aan Middelburg. Arnemuiden werd herbouwd en door aanleg van verdedigingswerken kreeg het geheel het aanzien van "stad". Handel en scheepvaart namen weer toe. De verzanding nam aan het eind van de 16e eeuw evenwel zodanig toe dat Arnemuiden geen grote schepen meer kon ontvangen.

Scheepvaart en handel verdwenen voor een belangrijk deel. Veel inwoners verlieten de stad. In 1630 stonden al veel huizen leeg, die later door verval werden afgebroken. In de 17e en 18e eeuw werden de zoutziederij en de visserij de steun van de stad. In 1818 werd het vaarwater nog uitgediept en andere maatregelen genomen om althans de visserij nog te kunnen behouden.

Het Arnekanaal werd gegraven in de periode van 1868 tot 1 april 1873. Maar de haven begon te verzanden en gaandeweg verviel Arnemuiden in armoede, daar slechts kleine schepen de stad nog konden bereiken. Men ging over op de visserij. De grote gebouwen en herenhuizen verdwenen en maakten plaats voor de kleine vissershuisjes. Door de verzanding werd steeds meer water tot land gemaakt en hierdoor is Arnemuiden thans omringd door polders.

Zo is men geleidelijk gekomen tot het Arnemuiden wat het nu is. Ook de visserij werd langzamerhand verdreven uit Arnemuiden, daar het werd omringd door land en slechts een kanaal naar Arnemuiden voert. De vissersboten van Arnemuiden liggen nu in Vlissingen. Voor een gedeelte van de bevolking is de visserij nog steeds het middel van bestaan. Het grootste gedeelte van de beroepsbevolking is echter werkzaam in de industrie, bouwnijverheid en handel. De oppervlakte van de gemeente bedraagt 1700 ha. Het aantal inwoners ± 6000.